## Loading objects:
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Microbiome Data Visualization
Overview of Snakemake workflow
Heatmaps
Using qiime2R
Using ggplot
Bray-Curtis
Jaccard
Bray-Curtis and Jaccard
Using microViz
No group annotation
With group annotation at the bottom
Jitter plots
Line plots
PCoA ordination
References
[1]
Buza, T. M., Tonui, T., Stomeo, F., Tiambo, C.,
Katani, R., Schilling, M., … Kapur, V. (2019). iMAP: An integrated
bioinformatics and visualization pipeline for microbiome data analysis.
BMC Bioinformatics, 20. https://doi.org/10.1186/S12859-019-2965-4
Appendix
Project main tree
.
├── LICENSE
├── README.md
├── Rplots.pdf
├── config
│  └── config.yml
├── css
├── dags
│  ├── rulegraph.png
│  └── rulegraph.svg
├── data
│  ├── feature_table.qza
│  ├── features.csv
│  ├── metadata.csv
│  ├── processed_data.rda
│  ├── processed_objects.rda
│  ├── rooted_tree.qza
│  ├── sample_metadata.tsv
│  ├── shannon.csv
│  ├── shannon_vector.qza
│  ├── taxonomy.csv
│  ├── taxonomy.qza
│  └── unweighted_unifrac_pcoa.qza
├── figures
│  ├── ggplot_heatmap.png
│  ├── ggplot_heatmap.svg
│  ├── microviz_heatmap.png
│  ├── microviz_heatmap.svg
│  ├── q2r_barplot.png
│  ├── q2r_barplot.svg
│  ├── q2r_heatmap.png
│  ├── q2r_heatmap.svg
│  ├── q2r_jitterplot.png
│  ├── q2r_jitterplot.svg
│  ├── q2r_lineplot.png
│  ├── q2r_lineplot.svg
│  ├── q2r_pcoa.png
│  ├── q2r_pcoa.svg
│  ├── unnamed-chunk-1-1.png
│  ├── unnamed-chunk-2-1.png
│  ├── unnamed-chunk-3-1.png
│  ├── unnamed-chunk-4-1.png
│  ├── unnamed-chunk-5-1.png
│  ├── unnamed-chunk-6-1.png
│  └── unnamed-chunk-7-1.png
├── images
│  ├── bkgd.png
│  ├── coders.png
│  ├── ml.png
│  ├── smkreport
│  │  └── screenshot.png
│  └── vizcover.png
├── imap-data-visualization.Rproj
├── index.Rmd
├── library
│  ├── apa.csl
│  ├── export.bib
│  ├── imap.bib
│  ├── packages.bib
│  └── references.bib
├── report.html
├── results
│  └── project_tree.txt
├── styles.css
└── workflow
├── Snakefile
├── envs
│  └── environment.yml
├── report
│  ├── barplot.rst
│  ├── boxplots.rst
│  ├── hcluster.rst
│  ├── heatmap.rst
│  ├── jitterplot.rst
│  ├── lineplot.rst
│  ├── nmds.rst
│  ├── pcaordi.rst
│  ├── pcoa.rst
│  ├── scatter.rst
│  ├── venndiagram.rst
│  ├── volcano.rst
│  └── workflow.rst
├── rules
│  ├── barplot.smk
│  ├── gh_pages.smk
│  ├── heatmap.smk
│  ├── jitter.smk
│  ├── lineplot.smk
│  ├── pcoa.smk
│  ├── processed_data.smk
│  ├── project_tree.smk
│  ├── rulegraph.smk
│  ├── smk_report.smk
│  ├── venn.smk
│  └── visual_types.smk
└── scripts
├── README.md
├── alpha.R
├── barplot.R
├── build_bs4_book.bash
├── common.R
├── custom_theme.R
├── heatmap.R
├── jitterplot.R
├── lefse.R
├── lineplot.R
├── pcoa.R
├── processed_data.R
├── qiime2R.R
├── qiime2csv.R
├── rarefy.R
├── read_matrix.R
├── render.R
├── rules_dag.sh
├── smk_html_report.sh
├── tree.sh
└── volcanoplot.R
14 directories, 102 files
Troubleshooting of FAQs
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